محاسبه هزینه های گمرکی ،عمدتا بر اساس دو مسئله انجام میگیرد :
ارزش کالا : ارزش کالا در گمرک بر اساس سامانه ای بنام تعیین کد شناسه کالا (Tarriff Specification Code)، تعیین می گردد. این سامانه قیمت های کالا را براساس سوابقی که در خود ثبت دارد تعیین کرده و یک طیف وسیعی از کمترین تا بالاترین ارزش کالاهای مشابه را ارائه می نماید ، که کارشناس گمرک بر اساس سایر موارد مطرح در سند، یکی از ارزش های موجود در جدول TSC را انتخاب می نماید. لذا در اغلب کالا ها قیمت اصلی کالای خریداری شده در مرتبه ثانوی قرار می گیرد و در درجه اول گمرک خود تعیین قیمت می کند. خریدار ممکن است که مثلا در حراج کارخانه های کشور سازنده کالا را به قیمت بسیار ارزان تهیه نموده باشد ولی هزینه های گمرکی را می بایستی بر این اساس محاسبه و پرداخت نماید.
همچنین قابل ذکر است که قیمت در گمرک بر اساس قاعده CIF (قیمت کالا + کرایه حمل + بیمه) محاسبه می گردد. بطور مثال اگر ارزش کالایی ۱۰۰ دلار باشد و هزینه حمل آن ۱۰ دلار باشد و طبعا بعلاوه هزینه بیمه که معادل حداقل ۰٫۰۵ در هزار، از مجموع ارزش کالا و هزینه حمل می باشد،در مجموع می شود ۱۱۰٫۵ دلار که مورد محاسبه قرار خواهد گرفت.
مأخذ: که درصد حقوق ورودی کالا را در کتاب تعرفه مشخص نموده است.
بدین ترتیب رئوس هزینه های گمرکی عبارتند از:
»۱ – هزینه حقوق و گمرکی ، معادل مأخذ تعرفه
»۲ – هزینه ارزش افزوده معادل ۹% از مجموع مبلغ معادل ریالی CIF و مبلغ حقوق ورودی
»۳ – هزینه اضافه شده ۰٫۰۵% (نیم درصد)
»۴ – هزینه مالیات خوش حسابی معادل ۴ % که مانند ارزش افزوده بر مجموع مبلغ معادل ریالی CIF و مبلغ حقوق ورودی تعلق می گیرد.
»۵ – هزینه وزارت راه معادل ۱۰% ارزش کرایه حمل (در صورتیکه کالا با وسیله حمل خارجی (غیر ایرانی) حمل شده باشد.
»۶ – هزینه انبارداری بر اساس جدول اعلام شده گمرکات زمینی – دریایی – هوایی
»۷ – هزینه تخلیه بارگیری کالا در انبارهای گمرک،هنگام ورود کالا و هنگام ترخیص کالا
»۸ – هزینه سایر از قبیل چاپ اظهارنامه، دیماند، جابجایی کانتینر، ایاب وذهاب داخل گمرک و …
»۹ – هزینه آزمایشگاه و استاندارد (درصورت نیاز)
»۱۰ – هزینه ترخیصیه شرکت حمل کننده کالا
»۱۱ – هزینه حق توقف کانتینر محموله های دریایی (درصورتیکه حمل کالا با کانتینر باشد).
»۱۲ – هزینه برگشت کانتینر (درصورتیکه کالای کانتینری، استریپ نشده باشد).
»۱۳ – هزینه ثبت سفارش بازرگانی
»۱۴ – هزینه صدور بیمه نامه
»۱۵ – هزینه کارمزد ترخیص کالا از گمرک